在1998年以前，国内曾经出现过与制药工程专业类似的专业，譬如抗菌素专业、微生物制药专业等，这些应该都与制药工程专业的产生有很大的渊源，原本已有的化学制药专业当然毫无例外地转为制药工程专业。一些医药类院校设置有微生物制药专业，从教育部的归类来看，该专业应该并入生物工程专业，事实上，一些院校还是选择了与此更相近的制药工程专业。1998年早些时间，合肥工业大学化学工程学院与安徽中医学院联合创办了五年制制药工程专业，实行在两个学校分别学习的制度。这是我国第一个制药工程专业。合肥工业大学作为制药工程专业的先驱者，为本专业的发展奠定了基础。在1998年颁布本科新专业目录的时候，也就是在制药工程专业出现于本科专业目录的同时，在化工类专业中的一个非常热门的专业——精细化工专业却从该目录中消失了。据统计，那时全国至少有174所高校设有精细化工专业，其中有不少精细化工专业都把化学药物的合成制备作为一个重要的内容。因此，尽管按照新的专业目录，精细化工专业应以化学工程与工艺专业的名义招生，但事实上还是有相当数量的精细化工专业看准了制药工程方向，改建成制药工程专业。

在设置制药工程专业的初期，能赶上这个节拍的高等院校并不多，主要是一些原来设有化学制药的工科类大学和原来设有药学类专业的理科类大学。随着人们对“药”这个特殊产品越来越重视，不少高校非常看好这个专业，通过转型或新建形成了制药工程专业。截止到2004年5月，国内已有121所高等院校设立了制药工程专业。